Penjana natrium hipoklorit boleh digunakan untuk rawatan bekalan air sekunder

Bila  natrium hipoklorit  bersentuhan dengan air, ia terhidrolisis untuk membentuk ion hipoklorit dan hipoklorit. Antaranya, hipoklorit mempunyai sifat pengoksidaan yang kuat dan boleh memusnahkan protein dan sistem enzim lain bakteria (virus), dengan itu membunuh mikroorganisma patogen. Kesan pembasmian kuman berterusan dengan sisa klorin, operasi mudah, lebih selamat dan lebih mudah daripada klorin cecair, dan lebih murah daripada serbuk peluntur.

Berbanding dengan pembasmian kuman gas klorin, natrium hipoklorit mempunyai risiko keselamatan yang lebih rendah, tidak menimbulkan sebarang bahaya kebocoran kepada keselamatan nyawa manusia, dan tidak menghasilkan produk sampingan toksik atau berbahaya. Kajian telah menunjukkan bahawa semasa pembasmian kuman natrium hipoklorit, asid dikloroasettik (DCAA) dalam air kilang adalah lebih rendah daripada dalam pembasmian kuman klorin cecair, manakala asid trikloroasettik (TCAA) pada asasnya adalah setara. Apabila natrium hipoklorit digunakan untuk pembasmian kuman, trihalometana (THM) dalam air kilang adalah lebih rendah daripada klorin cecair, dan karbon tetraklorida (CCl4) pada asasnya bersamaan dengan kedua-duanya. Secara keseluruhannya, jumlah produk sampingan pembasmian kuman natrium hipoklorit adalah lebih rendah daripada klorin cecair.